第一部 剑柄
（铸匠：Dagou）
中华开国五千年，神州轩辕自古传，创造指南车，平定蚩尤乱，世界文明唯有我先。
――孙中山
“轩辕”是传说中上古帝王黄帝的名号，关于这一名号的起源有多种说法，一说黄帝姓姬，十五岁时接受国土袭封，号有熊氏（其部落以熊为图腾），因发明装有轮子的车辆，又号轩辕氏；一说黄帝姓公孙，名轩辕，因居于轩辕之丘，故取此名（轩辕丘在今河南新郑西北）。无论孰是孰非，有一点是肯定的――“轩辕”象征着华夏文明的起源。
诚如DOMO小组所言，“轩辕剑”这个名字代表的主题是“中国文化的力量”。
第一话、盘古开天辟地
天地原本混沌若卵，盘古氏孕育其中。一万八千年后盘古奋力破开混沌（据异书《轩辕志》考，当时盘古由睡梦中醒来，见天地晦暗，遂拿一巨斧劈开天地，此斧即为十大上古神器之一――盘古斧），重浊之物降而为地，轻灵之物升而为天。盘古双手托天，双足踏地，天日高一丈，地日厚一丈，他就日长一丈，如此一万八千年，天极高，地极厚，盘古如巨柱般屹立于天地之间，使之无法合拢。盘古死后，其遗体化为天地间万物，日月、星辰、风云、山川、田地、草木、金石……
开天辟地并用身体孕育万物的盘古受到人们的尊敬，相传南海有绵亘八百里的盘古墓，用于收葬他的魂魄。我国西南地区的一些民族至今依然流传着崇拜盘古的各种仪式和神话。
另据《轩辕志》考，盘古的元神沉睡于海中建木，其开天辟地之神器――盘古巨斧曾落于广寒宫的一口枯井之中，也曾堕入一巨大机关龙之腹内，如今终于物归原主。此斧拥有分天开地、穿梭太虚之力，威力不下轩辕剑。
第二话、女娲抟人炼妖
关于女娲造人的故事有两种版本，一说盘古开天辟地之后，世间惟有草木山川，寂静而荒凉，许多年后女娲氏从亘古中醒来，为消解寂寞，她仿照自己在水中的倒影，用黄泥捏成一个个小人的形状，这些泥人一放到地上就有了生命，人类由此诞生；一说宇宙开辟之初，只有女娲和伏羲兄妹二人居住在昆仑山上，人类便是由他俩相婚而生的，他们使男女相配，教他们生育后代，并禁止兄妹通婚，制定婚礼。由此可见，女娲不仅是创造人类的始祖，而且是最早的婚姻之神。
据《轩辕志》考，女娲造人时曾使用一威力无比之异宝――“炼妖壶”。“炼妖壶”古称“九黎壶”（莫非与蚩尤有关联？），拥有不可思议的力量，能造就一切万物，也有惊人之毁坏力。此壶收有无数强大的妖魔，壶中另有一片奇异空间，足以吞食日月星辰，吸纳天地万物。
《轩辕剑2》和《轩辕伏魔录》的情节均由此炼妖壶引出，虽然它也曾兴风作浪为害世人，也曾跟随赛特浪迹海外，但大部分时候都是在墨家子弟的小心看护之下。
第三话、女娲炼石补天
许多民族的神话都曾提到天地创造后曾遭到严重破坏，后由天神重整乾坤。在希腊神话中这场大灾难表现为“洪水”，在北欧神话中为“神之劫难”（Ragnarok），在中国神话中则为“女娲补天”。
相传天地曾发生大冲撞，东南西北四座天柱折断，半边天空坍塌下来，大地爆裂，林火燃烧，洪水泛滥，妖魔鬼怪、猛兽恶禽乘机肆虐。女娲为拯救苍生，“炼五色石以补苍天，断鳌足以立四极，杀黑龙以济冀州，积芦灰以止淫水。”
女娲补天之石中有两块比较特殊。相传她曾于大荒山无稽崖炼成高十二丈、宽二十四丈的顽石三万六千五百零一块，结果只用了三万六千五百块，剩下一块未用的被弃在青埂峰下，此石自经锻炼，灵性已通，因见众石俱得补天，唯独自己无材不堪入选，遂自怨自叹。日后此石有缘得入红尘，投胎贾府，在温柔乡大观园里上演了一幕幕悲喜之剧，此石便是贾宝玉。
另一块石头相传是女娲为救自己病故之爱女，将万年修为贯注于这颗昔日补天所剩之五彩玉石上，自此该灵石就具有特别之力。此石便是《天之痕》中的小雪。
其实远古神话中的五彩石并没有后世传说的那么神奇，只是因为女娲在地上找不到那么多与天一色的青石，无奈之下只好用白色、黄色、红色和黑色的石头代替，故称“五彩石”。
第四话、黄帝大战蚩尤
《轩辕剑3》中的隐藏角色之一就是这位臭名昭著的蚩尤，很多人都将蚩尤视为上古邪神，其实不然，蚩尤是炎帝麾下的苗裔战神，蚩尤、黄帝之战可视为巨人族与天神之间的较量。
炎帝在阪泉一战被黄帝击败后退居南方，黄帝成为中国上古时期的主神，以昆仑山为其统治中心（《轩辕剑2》的决战地便在昆仑仙境），其地位相当于希腊神话中的宙斯。蚩尤是东夷九黎族的首领，有兄弟八十一人，铜头铁额，双角峥嵘，毛发如剑，生有双翅（或八肱八趾，或龟足蛇首），以铁石为食，神通广大，能呼风唤雨，善以金属制造武器。蚩尤不服黄帝的统治，立誓为炎帝报仇，于是发动自己的弟兄和南方部族以及山林水泽间的怪神，在涿鹿与黄帝展开激战。
蚩尤装备精良，在战事之初一度令黄帝陷于苦战。双方互有胜负，难分高下，蚩尤利用浓雾，令黄帝之军队迷失方向，黄帝命风后制作指南车，辨明方向；黄帝召来应龙，以水淹之，蚩尤则请来风伯、雨师，制造更猛烈的暴风雨击溃黄帝之师。当两军僵持不下之际，九天玄女飘然而至，授黄帝以兵法（即传说中的“奇门遁甲”），并将昆吾山赤铜铸造而成的昆吾剑赠予黄帝，再加上夔皮蒙制而成的战鼓助威，黄帝终于在冀州之野将蚩尤擒杀。这就是著名的涿鹿之战。
据《轩辕志》记载，黄帝战胜蚩尤后不久，天界诸神赐予他一柄旷世神剑，内蕴无穷之力，为斩妖除魔之利器。此后这柄神剑流落人间，先是在轩辕剑侠手中与神魔界抗衡，后由轩辕剑侠之子执掌降服壶中仙，战国时被蜀桑子利用助纣为虐，隋朝时被宇文拓用于消灭反抗之陈师，此后虽曾在梁错手上短暂出现过，但最终还是消失于森林之中，不知下落。